El efecto más relevante de la querella, que le distingue de la mera denuncia, es que el denunciante adquiere en el procedimiento penal el estatus de acusación particular.
De esta manera, a través de su abogado penal puede intervenir directamente en el procedimiento, solicitando diligencias de investigación.
Además, puede presentar un escrito de acusación contra el querellado. Esta posibilidad puede ser muy importante, puesto que el proceso penal es acusatorio, lo que significa que el Juez únicamente puede condenar si existe acusación.
Así, en el caso de que el Fiscal decidiera no acusar, el Juez se vería obligado a cerrar el caso. Por el contrario, si existe una acusación particular, el Juez de instrucción puede abrir juicio oral y el Juez enjuiciador condenar al acusado sin acusación del Fiscal.
Otra diferencia relevante de la querella respecto a la denuncia es que es posible recurrir la desestimación judicial de una querella, pero no de una denuncia. La inadmisión de una querella no supone cosa juzgada, lo que significa que es posible presentar de nuevo la querella incluso ante el mismo juez.